On appelle “format de fichier” la façon dont les données sont organisées dans un fichier (Format de données — Wikipédia). Quand on crée un logiciel, cette décision est libre, il n'y a pas de bonne ou de mauvaise façon.

On peut décider du format puis le coder sous la forme d'un gestionnaire de ce format (on produit alors généralement une librairie), ou on peut le coder directement s'il est simple et le documenter par la suite.

Il y a quelques formes d'organisation standardisées, on peut citer notamment le Json pour les données qui doivent transiter par le réseau (JSON, normalisé sous la référence ECMA-404), et dans le même ordre d'idée on trouve le Bson qui est une version binaire du précédent format et sert lorsqu'on a un accès direct aux fichiers (BSON (Binary JSON) Serialization). Certaines bases de données comme MongoDB utilisent par exemple nativement le Bson pour représenter leurs données dans les fichiers de la base de données.